Väitöskirjatyöni toinen suuri sivuprojekti syntyi suoraan jatkona lehtikeräysprojektista. Tällä ”harhapolulla” ideana on kerätä kattava kokoelma sieniyksilöitä eli tautilinjoja lehdistä, jotka keräsimme ja skannasimme resistenssin mittaamiseksi. Kattava tautilinjakokoelma on mielenkiintoinen tutkimuskohde pitkälle tulevaisuuteen.
Idea tähän projektiin tuli varmaankin Brucen ja Danielin välillä. Daniel oli ryhmämme geneetikko ennen siirtymistään professoriksi Neuchateliin tammikuussa 2017. Tavoitteena projektissa oli kerätä mahdollisimman kattava populaatio harmaalaikun aiheuttavaa sientä, Zymoseptoria tritici, eri vehnälajikkeilta. Resistenssimittausten perusteella valitsimme 12 lajiketta tasaisesti vastustuskykyjakauman koko laajuudelta. Noista kahdestatoista lajikkeesta tavoitteena oli poimia 20-30 itsenäistä tautilinjaa molemmilta koealoilta (eli kahdelta pellolta) ja molemmilta keräyspäiviltä tulleesta lehtimateriaalista. Yhteensä tavoitteena oli siis kerätä tuhatkunta sieni-isolaattia.
Sienenpoiminta tapahtuu mikroskoopin ja lasineulan avulla. Kehitimme menetelmän huomattavasti tehokkaammaksi aiempaan verrattuna. Aikaisemmin lehdistä oli otettu pieniä paloja, jotka oli pintasteriloitu etanolin ja natriumhypokloriitin avulla. Tämän jälkeen lehtiä oli pidetty kosteassa purkissa yön yli, jolloin itiömassa oli pusertunut itiöpesäkkeistä ulos.
Me huomasimme, että saamme hyviä tuloksia myös ilman pintasterilointia ja kosteuskäsittelyä. Tämän vaiheen ylittäminen nopeutti toimintaa huomattavasti ja lisäksi helpotti itiömassan poimintaa. Skannausta varten paperille tasaisksi liimatut lehdet ovat huomattavasti helpommin käsiteltävää materiaalia kuin kosteudessa käyristelevät pienet palaset. Kirkas tai valkoinen itiömassa poimitaan mikroskoopin alla mustien itiöpesäkkeiden päältä neulan kärjellä ja siirretään kasvatusmaljalle. Lasineulat valmistamme itse lasipuikoista tai -pipeteistä liekissä sulattamalla ja venyttämällä sopivasti, joten myös perinteisille käsityötaidoille on käyttöä.
Kasvatusmaljolle siirtyy paljon muutakin kasvustoa kuten muita sieniä (homeita) ja bakteereja. Zymo kasvaa aika huonosti kasvatusmaljalla, joten lähes mikä tahansa kontaminaatti kasvaa yli sekä samaan kohtaa poimituista Zymo-kolonioista että naapureistakin. Siksi muutama päivä poiminnan jälkeen ensimmäiseltä maljalta seulotaan oikean näköiset pikkukasvustot ja siirretään uudelle maljalle turvaan lajinmäärityksen varmistamiseksi. Puhtaita kolonioita saadaan parhaimmillaan kolmella neljästä poiminnasta. Lopuissa poimintakohdissa kasvaa kontaminoivia lajeja tai ei mitään.
Kun lajinmääritys on vahvistettu visuaalisesti toisella maljalla, isolaatit siirretään kasvamaan nesteeseen viikoksi. Viikon jälkeen kasvusto tiivistetään sentrifuugin avulla paksuksi massaksi, jota sitten varastoidaan joko glyserolissa tai silikaatissa näyteputkiloihin pakastimessa.
Koska jokainen poimintayritys ei onnistu, jouduimme hieman yliyrittämään. Yritimme poimintaa jokaiselta lehdeltä kahdelta erilliseltä laikulta kolmesti. Yhteensä meillä on nyt pakastimessa n. 2400 sieni-isolaattia, jokainen vähintään kolmena kappaleena.
Tässä työssä pääsin harjoittelemaan organisointia ja henkilöjohtamista, koska sain vastuulleni työntekijöiden rekrytoimisen, kouluttamisen, työn organisoimisen ja ohjaamisen ja kokonaisuuden onnistumisen. Tämän projektin puitteissa minulla on ollut jo kahdeksan alaista. Tämä oli upea mahdollisuus, jollaista tuskin tapahtuu monelle tohtoriopiskelijalle.
Tästä projektista ei ole suoraan hyötyä väitöskirjalleni, eli en julkaise tämän pohjalta artikkeleita, joissa olen ensimmäinen kirjoittaja. Uran kannalta hyötyä voi olla sitäkin enemmän. Ensinnäkin tuotin ryhmälle runsaasti arvokasta materiaalia, mistä moni on ja tulee olemaan kiitollinen. Lisäksi pääsen mukaan yhteistyöhön monissa tutkimusprojekteissa, joissa näitä isolaatteja hyödynnetään, ja saan näin lisää julkaisuja. Julkaisut kun ikävä kyllä ovat ainoa ansio, josta tutkijaa palkitaan ja siksi niiden saaminen on tärkeää uran kannalta.